Além de um dos Evangelhos, existem três cartas e um apocalipse, cuja tradição atribui a autoria ao Apóstolo João.

Embora a maioria dos chamados Pais da Igreja, como Policarpo, Ireneu, Tertuliano, Orígenes, não tivessem qualquer dúvida em relação à autoria desses textos, a partir do século XVIII, alguns autores levantaram questionamentos que levaram à formulação de uma hipótese de que eles seriam o fruto de uma escola de pensamento joanino e não do apóstolo em si. Os fundamentos principais para essa hipótese são as aparentes divergências de conceitos existentes entre o Evangelho de João e os demais textos. Um exemplo disso é o tratamento dado ao παράκλητοv (paracleto) que, no Evangelho de João, Jo 14:15, é aquele que o Pai enviaria a pedido de Jesus, e em 1Jo 2:1, trata-se do próprio Jesus. Essas aparentes divergências derivam de se atribuir ao texto do Novo Testamento o caráter de tratado teológico, que obedecesse a regras e rigores que eram desconhecidos, tanto da teologia do Cristianismo do primeiro século, quanto dos próprios autores, cuja intenção de divulgação da Boa-Nova representava o objetivo primordial, ao qual os demais rigores de forma e conteúdo deveria ser submetido.

Quando analisamos principalmente II João e III João, é de se estranhar, à primeira vista, que textos tão pequenos e de um conteúdo geral tão pessoal poderiam compor o cânone do Novo Testamento. Isso se explicaria mais facilmente se a autoria fosse realmente de um dos apóstolos, em especial de alguém tão próximo a Jesus, como João Evangelista. Isso, contudo, não implica que esses textos não receberam nenhuma alteração e que chegaram até nós integralmente como foram concebidos. Existe pelo menos uma bem conhecida evidência de que a primeira Carta de João recebeu um adendo, conhecido entre os estudiosos como comma johanneum ou “parêntese joanino”. Trata-se de uma inserção feita entre os 1Jo 5:7, onde é inserido um texto que suporta a ideia da Santíssima Trindade. Tanto os manuscritos mais antigos, como a própria Igreja Católica, na atualidade, rejeitam essa inserção, considerando-a não autêntica. Ainda assim, é possível encontrá-la em algumas traduções, mesmo que o texto crítico já não a inclua.

Essas considerações colocam em evidência as dificuldades e desafios em lidar com aspectos pontuais de textos tão antigos, cuja história às vezes conserva lances controversos e que, apesar disso, tiveram e têm um papel tão importante na formação dos valores da nossa sociedade. Serve também de alerta, não só para o estudioso, mas para o adepto sincero, de que é preciso ter um conhecimento amplo do texto e evitar estabelecer formulações definitivas e categóricas, a partir de elementos esparsos. Em geral, predominam a coerência e a base fundamental de valores e orientações que representam uma luz a guiar a criatura humana nos caminhos da vida.